Jaminan Kesehatan daerah (Jamkesda) Kota Kupang adalah salah satu program kesehatan Pemerintah Kota Kupang melalui penyediaan Kartu Jaminan Kesehatan Bagi masyarakat Kota Kupang untuk mengakses layanan kesehatan memadai pada provider pelayanan kesehatan yang telah bekerjasama dengan Pemrintah Kota Kupang.

Kementerian Kesehatan telah resmi meluncurkan program Jampersal (Jaminan Persalinan) untuk membantu ibu-ibu melahirkan secara gratis di fasilitas kesehatan pemerintah dan juga swasta yang sudah menandatangai kerja sama. Ibu hamil kini bisa melakukan persalinan yang dibantu oleh tenaga kesehatan secara gratis dengan hanya bermodalkan KTP saja. Hal ini diharapkan bisa membantu mengurangi angka kematian ibu dan bayi.