Penyelenggaraan berbagai pelayanan kesehatan baik perorangan maupun kesehatan masyarakat perlu ditunjang oleh manajemen yang baik. Manajemen Puskesmas merupakan rangkaian kegiatan yang bekerja secara sistematik dalam menghasilkan keluaran Puskesmas yang efektif dan efisien. Manajemen Puskemas meliputi 1) perencanaan; 2) pelaksanaan - pengendalian; 3) pengawasan – Pelaporan, yang harus dilaksanakan secara terkait dan berkesinambungan.

Salah satu permasalahan gizi yang menonjol di Provinsi NTT adalah tingginya prevalensi balita gizi buruk. Hasil Riskesdes Depkes RI tahun 2007 menunjukkan prevalensi gizi kurang gizi balita sebesar 33,6% atau hampir dua kali lipat angka nasional yang sebesar 18,4%. Pemerintah Provinsi NTT sejak tahun 2005 menetapkan kebijakan penanganan gizi buruk dengan standar Kejadian Luar Biasa (KLB). Seluruh balita harus ditimbang dan dimonitor pertumbuhan secara rutin setiap bulan di posyandu dan jika ditemukan adanya balita gizi buruk harus segera ditangani dalam waktu 1 x 24 jam.